Du musst immer daran denken, dass Base64 ASCII-basiert ist.
Wenn du die Daten also per IFS-API's einliest, musst du auf jeden Fall die Daten binär einlesen, damit keine EBCDIC-Umsetzung erfolgt, denn dies zerstört die Bit-Folge.
Anschließend dekodieren und je nach Ergebnis, ob die Usrsprungskodierung UTF8 war, von UTF8 nach UCS2 oder einfach nach EBCDIC wandeln.

Für solche Sachen sind aber eher Java-Funktionen, da diese bereits eine Base64-Klasse implementieren.
Baue, oder lasse dir bauen, ein kleines Java-Progrämmchen (wenige Zeilen), dass eine IFS-Datei von Base64 nach UTF8 dekodiert. Das kann man per Eclipse testen und anschielßend auf der AS/400 auch ausführen (RUNJVA).