Unter IIS laufen ASP's u.ä. normalerweise unter speziellen Usern in einer abgeschirmten Umgebung (IUSR_XXX oder IWAM_XXX). Für diese User muss natürlich eine CA-Umgebung eingerichtet sein (OpsNav).
Da CA aber ggf. noch bestimmte Registry-Einträge benötigt kann es auch hier zu Problemen kommen.

Ich denke, wenn CA für IUSR/IWAM nicht zugänglich gemacht werden kann muss man eine Stufe dazwischen schalten (DCOM/COM+).