An QSH kann eine ganze Reihe von Befehlen übergeben werden (wie ein Script:

CMD('Befehl1;Befehl2;...')

Das Semikolon gilt als Befehlstrenner, für dich also:

cmd('cd /MyPath;java ....')

Ansonsten empfängt ein Script seine Parameter in $1, $2, ... $9 als Pseudovariablen.