Es ist immer wider das gleiche Problem:

Der Systemwert QCCSID sollte IMMER auf den landesspezifischen Wert (Deutschland eben 273/1141) eingestellt werden, damit neue Dateien automatisch den korrekten Zeichensatz erhalten. Bestehende Dateien können mit CHGPF auf 273 umgestellt werden.

Auch ALLE PC's, die an diesem System angeschlossen sind, müssen mit der CCSID 273/1141 eingestellt werden. Die Erklärung hierzu findest du beim Suchen zum Thema CCSID.

Wenn dann mit ODBC/JDBC auf AS/400 zugegriffen wird, erfolgt bei CCSID 65535 nämlich KEINE Codeumwandlung von EBCDIC nach ANSI, d.h., du erhältst den reinen EBCDIC-HEX-Code.
Ggf. gibt es bei der JDBC eine Einstellung, dass 65535 auf jeden Fall gewandelt werden soll, beim CA/400-ODBC-Treiber gibt es die Einstellung.