Das ist das generelle Problem mit Batch-Debug.

Breakpoints können leider nur gesetzt werden, wenn der Job aktiv ist. Das hat mit ILE gar nichts zu tun.

Du musst den Job erst mal loslaufen lassen, bevor du Breakpoints setzt.
Da der Job aber ggf. schon fertig ist, bevor du die Chance hast, musst du dir eine sinnvolle Wartemöglichkeit einfallen lassen.

Z.B.:

Im Dialogjob einen ALCOBJ *EXCL auf ein Testobjekt machen.
Ein CLP submitten, dass auf das gleiche Objekt wartet.
Dann den Debugger starten und Breakpoints setzen.
Anschließend per DLCOBJ im Dialogjob das Objekt wieder freigeben.

Du kannst auch mit einer INQ-Nachricht (SNDPGMMSG) arbeiten, die ja auch auf eine Antwort wartet.