Eine Connection zur AS/400 kann nur 1 Aktion zu 1 Zeit durchführen.
Wenn du also parallel zum Read mit Timeout einen Write benötigst, muss das auch über eine eigene Connection durchgeführt werden.
Eigentlich sollte der Write sogar mit einem Fehler abgewiesen werden.

Für die korrekte Synchronisation sorgt die AS/400 (klappt ja auch mit RPG/CLP u.a.).

Mit Java hat das nix zu tun, da du auch hier die Toolbox nehmen musst.

Wichtig ist halt nur zu erkennen, wann die Verbindung tatsächlich unterbrochen wird.
Das kann man auch schon mal mit ziehen des LAN's (trennen Lan-Verbindung) simulieren, was ja auch schon mal vorkommt.