Ich vermute mal, dass es CommitControl-Probleme gibt.

Bei einer i5 kann man Daten ohne Commit-Level verarbeiten, da Daten nicht zwingend journalisiert werden müssen.

Bei anderen DB2's gibt es die Unterscheidung nicht. Hier muss IMMER mit einer Commit-Methode (z.B. *CHG) gearbeitet werden.

Des weiteren kann es Probleme mit SQLPKG's geben.
Embedded SQL's müssen meistens auf der Gegenseite ein SQLPKG erstellen "CRTSQLPKG ... RDB(...)", wie immer dies dort dann ausgeführt wird.

Ich würde hier auch eher den umgekehrten Weg gehen und eben über DB2/Connect von der Windows-DB" die Daten zur AS/400 schieben.
Dies geht meist mit weniger Aufwand.