Ein Programm, dass über REXEC ausgeführt wird, hat keine Verbindung zu Desktop. Es muss also eine echte Batchanwendung sein.

Prüfe, ob die zu verwendende EXE eine Batchparameter hat um sich auch zu beenden und nicht auf eine Bedieneraktion zu warten.

Mit MDE meinst du eine Access-Anwendung ?
Auch diese muss sich nach getaner Arbeit auf jeden Fall selber beenden.