Das CommandTimeout-Limit wird über die Eigenschaft des Command-Objekts festgelegt und steht default auf 30 !
Über den Datendesigner kannst du die Eigenschaft direkt im Command-Objekt ändern oder per VB.

Analysiere jedoch mal die Abfrage, ob in den Where-, Order- oder Group-Bestimmungen Felder angegeben sind für die keine Zugriffspfade existieren.
Das gilt auch für Verknüpfungen (Joins) über mehrere Tabellen.

Dies kann dazu führen, dass die AS/400 ggf. temporäre Zugriffspfade erstellt was durchaus mehrere Minuten in Anspruch nehmen kann.
Das Heraufsetzen des Timeout's löst nicht das verursachende Problem.