Hierzu musst du einen CALL QCMDEXC verwenden, ein Command-Object ist dazu nicht nötig:

dim CallCmd as String

' Achtung: ggf. Hochkomma verdoppeln!
CallCmd = "runqry ..."

cnn.Execute "CALL QCMDEXC ('" & CallCmd & "', " & format(len(CallCmd), "0000000000.00000") & ")"