Ich habe eine Antwort von der IBM erhalten und denke ich werde nicht lange herumbasteln.
Ich werde gleich im eingeschänktem Zustand die Option 3 installieren und auch alle PTF's installieren.

Danke für eure Hilfe

Hier die Antwort die ich erhalten habe:
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Mit diesem Command können Sie feststellen welche Jobs diese Objekte gelocked haben:
CALL PGM(QP0FPTOS) PARM(*LSTOBJREF
'/QIBM/ProdData/OS400/able/JLog.jar' *FORMAT2)

enstprechend auch für
/QIBM/ProdData/OS400/able/able.jar
/QIBM/ProdData/OS400/able/jas.jar

Auch auf unserem System sind die Objekte gelocked und zwar von einem QSRVMON Job.
Der Job dient dazu die Servicemonitore zu starten und zu überwachen, die automatisch Fehlerberichte für Softwarefehler in manchen IBM Produkten erstellen.
Dieser Job ließe sich vorübergehend beenden:

WRKSYSVAL QSFWERRLOG
Mit 2 Ändern von *LOG in *NOLOG
Anschliessend:
WRKWCH WCH(*SRVMON)
Warten bis alle Monitore beendet sind und dann
überprüfen, daß auch der QSRVMON Job beendet ist.

Evtl. nochmal die Locks prüfen.
Der Use Count sollte 0 sein.

Jetzt können Sie nochmal versuchen SS1 option 3 und die JV1 Optionen zu installieren.

Anschliessend können Sie QSFWERRLOG von *NOLOG wieder auf *LOG stellen.

Allerdings müssen Sie dann unbedingt das Java Gruppenptf nochmal installieren, und das wird
nicht ohne IPL auskommen.