sind das sql-tabellen oder dds?
bei 6.1 gibt es in der qaqqini ein paar einträge die sich mit 5.4 unterscheiden (zb ignore_derivide_index), wenn ihr mit sql-tabellen fährt, ist das egal, bei dds gibt es einen geringen prozentsatz wo es sehrwohl performance probleme haben kann.

ansonsten würd ich mal ein monitoring aufsetzen und dieses analysieren wo die langen wartezeiten sind. bzw. auch den zugriffspfad ansehen.

lg andreas