Das hat mit der Formatierung an sich nichts zu tun.
Die SQL-Funktion date() wandelt eine Zeichenkette in den Feldtyp DATE um, so dass Excel diesen auch als Datum erkennt und korrekt formatiert.
Intern wird ein Datum in "Anzahl Tagen seit 30.12.1899" gespeichert.

Wenn du die Formatierung in Excel vornimmst, kannst du mittles Zahlenformat "##,##,##" eine entsprechende Formatierung drauflegen, allerdings ist es immer noch kein "Datum".

Nun zu MS-Query:
Wenn du alle Felder, die du benötigst ausgewählt hast, schaltest du in die SQL-Sicht und ersetzt dein Datum-Feld mit dem obigen Date(CASE-Ausdruck), so dass dies anschliessend so aussieht:

select f1, f2, f3,...
date(case ...),
f5, f6
from mylib.myfile

Wobei eben "mydate" durch den Namen deines Feldes ersetzt werden muss.