Wenn die Festplatten wie wild hackeln, weil soviele Daten gelesen werden müssen hat die CPU meist nicht viel Auslastung. Ich würd mal während der Laufzeit ins WRKDSKSTS rein schaun.
Bzw. mit WRKJOB --> 14. Offene Dateien anzeigen, falls aktiv --> F11 beobachten ob es IOs gibt.