Dann würde ich die Scriptdatei in die QTEMP kopieren, per OVRDBF auf die QTEMP verweisen und dann den FTP starten.
Dann benötigst du keine Sperren, es sei denn, es soll die selbe Datei übertragen werden.

Alternativ kannst du auch eine FTP-JOBQUEUE anlegen, einem Subsystem zuweisen und per JOBD ansteuern um sicherzustellen, dass die FTP-Jobs nur nacheinander laufen.