Das ODBC-Zeitlimit lässt sich auch über die QAQQINI (QQRYTIMLMT) bzw. den Systemwert einstellen.
Damit kann der Default überschrieben werden.

Allerdings könnte es trotzdem an fehlenden Indizes liegen, dass die Abfrage so lange dauert.
Es liegt nicht an der Anzahl Sätze.

Nachtrag:
Wenn du über ein Command-Objekt zugreifst, ändere die CommandTimeout-Eigenschaft. Allerdings wird deine Abfrage wirklich nicht besonders schnell werden.