Was mich als erstes interessieren würde ist, welche Query Engine führt die Abfrage aus?
So wie Du es beschreibst tippe ich stark auf die CQE. Ist es die CQE versuche die Ursache zu finden (und zu bereinigen), warum die CQE verwendet wurde.

Hast Du eigentlich versucht anstatt eines Right Join die Abfrage zu drehen, d.h. die CTE voranstellen und dann über einen Left Join zu verknüpfen.

Weiterhin sollte zumindest ein Zugriffsweg über IXFNAM, IXTEXT, IXRECL vorhanden sein. Ebenso sollte für die 2. Datei ein Index über PDLFDN, PDBTDT. Versuche ggf. Zugriffswege (SQL Indices) mit Schlüssel-Feldern in der zuvorgenannten Reihenfolge anzulegen.

Birgitta