Wieso eigentlich Right Join ?
Auf Grund der Abfrage ist es doch eher ein inner join, da die Where-Klausel der Tabelle 1 eine Einschränkung unabhängig von der Beziehung zu Tabelle 2 ist.

Du solltest also
a) die Reihenfolge der Datenbeziehungen prüfen
b) entsprechende Indizes über die Where-/Join-/Order-Felder haben

Und was den Performancevergleich angeht:
Wieviele parallele Job's laufen auf dem MySQL-Server im Vergleich zur AS/400 ?
Wieviele Datensätze sind in der MySQL-DB und der AS/400-DB ?