Da scheint das Javaprogramm wohl einige Ressourcen nicht korrekt freizugeben, m.a.W, eine Datei bleibt offen (was in Java ja eigentlich unmöglich sein sollte).
Ich rufe auch in einem Batchjob mehrere 100 Mal Java-Programme ohne Probleme auf.

Warum nimmst du nicht CPYTOIMPF um CSV-Dateien im UTF-8 zu erstellen ?

Alternativen:
Starte Java mal ohne QSH mit dem Java-Kommando.
Mach halt nach 199 Aufrufen einen neuen Job auf (ggf. mit TFRJOB).