Ich schätze mal, dass MTIs (Maintained Temporary Indices) gebildet werden.
MTIs sind temporäre Indices, deren Aufbau solange dauert wie der Aufbau eines permanenten Indices. Sobald ein MTI aufgebaut ist, kann er von allen SQL-Abfragen, die mit der SQE arbeiten verwendet werden, bis er aus dem SQL Plan Cache verschwindet.
Ein MTI verschwindet aus dem Plan Cache, sofern dieser überläuft und der MTI der am längsten nicht verwendete Index ist, oder bei IPL. Bei IPL wird der komplette Plan Cache gecleart, d.h. alle MTI müssen in Folge neu aufgebaut werden.

Das würde zumindest das Verhalten erklären, warum die Abfrage nach IPL extrem lange dauert und anschließend wieder ratzfatz läuft.

Sofern für eine Tabelle MTIs gebildet wurden, sind diese im System i Navigator sichtbar - Rechtsclick auf Tabelle und Indices anzeigen. Wurden tatsächlich MTIs angelegt, und werden diese häufig verwendet, sollte hierfür ein permanenter Index angelegt werden (Rechtsclick auf den Index und Erstellen).
Beim nächsten IPL sollten die Performance Probleme nicht mehr auftreten, da der permanente Index nicht gelöscht wird.

P.S. Das hat nur am Rande was mit Performance zu tun, aber ich würde eine SQL-View erstellen in der die Tabellen miteinander verknüpft werden und diese im SQL-Statement verwenden.

Birgitta