Das Aufbauen von Indizes bedeutet i.W. eine hohe CPU-Auslastung und nicht so sehr Plattenauslastung (Cache!).
Wenn es denn umgekehrt wäre, würden die anderen Jobs gar nicht so sehr gestört werden.
Ein temporärer Indexaufbau legt keinen Index auf der Platte sondern im Speicher an. Dabei geht das Lesen der Datei ggf. noch sehr schnell nur eben die Baumstruktur aufbauen dauert halt und frisst ausschließich CPU.
Kein Wunder, dass die SAN-Truppe da nur wenige IO's registriert.