Ein Abschneiden von Daten gibt es diesbezüglich nicht.
Passiert das auch, wenn du den Befehl von der Kommandozeile aus machst?

Das Problem könnte ansonsten folgendes sein:
Das RPG-Programm gibt die Daten in eine O-Datei aus und wird mit *INLR = *OFF verlassen.
Da O-Dateien geblockt geschrieben werden, könnte der letzte Block noch nicht in der Datei tatsächlich drinstehen.
Also sicherstellen, dass beim verlassen des Programmes die Datei auch tatsächlich geschlossen wird.
Ein RCLRSC hilft da nicht, da das Programm dann gekillt wird und nicht geschriebene Daten dann weg sind.