Wenn lokale User ausgeschlossen werden dann bleibt halt nur FTP übrig.

Alternativ kann man ja Freigaben für die User auf der AS/400 einrichten, die Daten dort in User-Verzeichnisse "/Home/Userxxx" kopieren und die User die Daten von dort holen lassen.

Der Zugriff über QNTC ist für regelmäßige Arbeiten sowieso nicht so geeignet.
Was machst du denn, wenn der Server mal nicht zur Verfügung steht?