Normalerweise sollte da kein Unterschied bestehen.
Ich weiß auch nicht, was der SQL-Server da treibt.
Wenn er allerdings keine Daten bekommt, könnte er ja ggf. die Verbindung wieder schließen.
Andererseits sollte die Verbindung eigentlich offen bleiben, es sei denn du hast (ich weiß aber nicht wo), den Connection-Pool abgeschaltet.

Die QZDASOINIT's laufen normalerweise im Subsystem QSERVER.

Wenn du korrekt das Joblog aktiviert hast, müsste auch nach der Verbindung in der OUTQ QEZJOBLOG ein Spool zu finden sein.

Nur mal so als dumme Frage:
Bist du sicher auf dem richtigen System geprüft zu haben?

Wenn du MS-Access zur Verfügung hast, prüfe mal ob du per "verknüpfter Tabelle" oder SQL-Pasthru über die ODBC-Verbindung zur AS/400 durchkommst.
Wenn das klappt, klappts auch mit dem SQL-Server.

Alternativ ggf. auch über Excel->Externe Daten->MS Query.