Das scheint nur ein kleiner Port-Konflikt zu sein. Bei 2 Instanzen auf den gleichen Ports zieht eine den Kürzeren. Es kam bei mir zwar auch schon des öfteren vor, daß sich Instanzen manchmal nicht mehr beenden ließen (außer mit *immed), aber für gewöhnlich lassen sie sich auch unter V5R1 mit ENDTCPSVR beenden und sind dann auch nach spätestens 1 Minute richtig weg.

Am besten Per Browser in die Administrationsinstanz gehen und die Problem-Instanz aus der Startkonfiguration nehmen.

Bei einer Apache-Instanz unter Allgemeine Einstellungen - automatisches Starten: Nein.
Bei einer IBM-Instanz unter Server-Einstellungen ändern, Autostart: NO.