Das ist nur eine Warnung, bei nicht eindeutigen Namen gäbs eine Abbruchmeldung.

Für Joins wäre die Syntax:

select a.F1, a.F2, ..., b.F1, ...
from myfile a
join myfile2 b on a.k1= b.k1 and ...

Es fehlt die Qualifikation, was aber bei eindeutigen Namen egal ist.