Beim CPYTOIMPF gibst du ja eine Ziel-CCSID an, deshalb die korrekte Darstellung.
Mit dem Echo wird die neue IFS-Datei erstellt, da du dabei aber keine CCSID angeben kannst, wird die Job-CCSID genommen.
Du musst also eine leere Datei erstellen, die CCSID setzen und dann per Echo die Daten anhängen.

qsh cmd('echo >/Home/MyFile.csv;touch -C 1252 /Home/MyFile.csv;echo ''HDR;'' >/Home/MyFile.csv')

Mittels "touch -C File" wird die CCSID der Datei gesetzt, eine Datenumsetzung erfolgt nicht!