Gelöst!

qsh cmd('echo >/Home/MyFile.csv;touch -C 1252 /Home/MyFile.csv;echo ''HDR;'' >/Home/MyFile.csv')

Mittels "touch -C File" wird die CCSID der Datei gesetzt, eine Datenumsetzung erfolgt nicht!
Der erste echo darf nicht sein, da das File schon falsch erstellt wird. Ich habe den touch vorangestellt und den echo hinterher - et voilà, schon klappts.

also:
qsh cmd('touch -C 1252 /Home/MyFile.csv;echo ''HDR;'' >/Home/MyFile.csv')