Da Zertifikate eine intern definierte Struktur haben sollte eigentlich eine Binärübertragung stattfinden.
Beim Copy über eine IFS-Freigabe nach Windows wird immer binär kopiert.
Beim FTP sollte dann "bin" eingegeben werden falls FTP das nicht selber erkennt.

Die Frage ist da eher, ob die IBM-Zertifikate auch für die ASCII-Welt überhaupt funktionieren.
Wenn der Import des Zertifikats auf einer anderen AS/400 klappt ist es eine Inkompatibilität zwischen IBM und Microsoft.