Bei diesen Umgebungen wird es am besten sein, wenn du über eine Datenbankverbindung (JDBC/ODBC/...) die SQL Stored Procedure QCMDEXC mit CALL aufrufst und das Programm als Parameter übergibst.
Oder du machst eine Externe Stored Procedure, dann kannst du dein Programm auch gleich direkt als Procedure aufrufen lassen ... würde ich eher empfehlen.

Und mit diesen Stichworten (AS/400, ODBC, SQL, CALL QCMDEXC) solltest du mehr als genug finden können.