Das kann durchaus Sinn machen.
Nehmen wir an die Häufigkeit der Keyfelder sieht wie folgt aus:
key1 = 50%
key2 = 35%
key3 = 15%

Dann wäre es sinnvoll einen Index zu haben wo zuerst mal mit key3 mit 15% der Sätze gesucht werden.
Also der Key wo am wenigsten Treffer vorhanden ist.

Reihenfolge: key3, key2, key1
Bei 10 Mio Sätzen werden also zunächst mal nur 1,5 Mio gelesen.
Mit key2 und key1 werden dann die restlichen aussortiert.

Reihenfolge: key1, key2, key3
Da würden zuerst schon mal 5 Mio gelesen werden, da key1 50% aller Sätze beinhaltet.
Dann erst werden die restlichen aussortiert.

Das ist jedoch nur eine Vermutung. Da ich weder weiß wie das gesamte SQL aussieht noch wie der innhalt der Tabellen aufgeteilt ist.

lg Andreas