Bei so vielen gelöschten Sätzen scheint mir REUSEDLT(*YES) nicht eingeschaltet zu sein. Dies sollte man mal tun.

Ansonsten kommt man wohl um ein Zeitfenster nicht herum um den RGZPFM exclusiv zu betreiben.
Zusätzlich muss natürlich auch Platz auf dem System sein.

Beschleunigen kann man den RGZPFM durch deaktivieren der LF's "CHGLF ... MAINT(*DLY)" und anschließendem reaktivieren der LF's.
Dabei kann man beim Reaktivieren je LF einen SBMJOB durchführen um ggf. die Parallelverarbeitung der AS/400 zu nutzen.