Was die IBM-Schnittstelle angeht, so wird ja je Feld die CCSID der Daten mitgegeben, so dass die Umwandlung von dir vorgenommen werden müsste.
Welche Methoden da die Java-Toolbox der AS/400 bietet kenne ich nicht.
Java arbeitet ja bei Strings generell in Unicode, so dass bei der Umwandlung von Strings in SBCS-Daten und retour die richtige Codepage ausgewählt sein muss.