Bei AFPDS-Spools sind AFP-Ressourcen Bestandteil des Datenstroms.
Bei SCS-Spools gibt es nur einen Link auf das Overlay, dass halt geändert werden kann.

Um AFPDS nachträglich mit OVL's zu versehen, muss man leider die Spool-API's zur Verarbeitung von AFPDS-daten bemühen.
Dann liest man den Spool aus und kopiert die Daten in ein neues Spool mit Angabe der OVL's.

Eine Bearbeitung von PDF's auf der AS/400 direkt ist nicht vorgesehen.
Es gibt PC-Tools, die einer PDF nachträglich ein "Watermark" zufügen können.
Ob es da etwas batchmäßiges (z.B. Java, oder für PASE) gibt musst du mal suchen.