Ggf. wieder mal das Problem der Domäne in Windows7.
Die Anmeldung vor der 5250, also nicht innerhalb der Sitzung, erfolgt immer mit "Domäne\User".
Bei der AS/400 ist die Domäne der Systemname, also "Systemname\User".
Schau mal in der Systemsteuerung->Anmeldeinformationsverwaltung nach was windows da so gespeichert hat, entferne unpassende Einträge bzw. erstelle neue passende.
Soweit ich das sehe, hat cwblogon seinen eigenen Cache.

Beim Autostart ist die Reihenfolge der Ausführung nicht gewährleistet.
Ggf. musst du beide Aktion in einer .BAT ausführen.