Mit FTP direkt hast du keine Chance.
Du kannst dir nur mittels QSH eine Übertragungsliste "zusammenbauen".
Hier hilft dir der "find"-Befehl.
Mit diesem kannst du dir ein FTP-Script zusammenbauen.
Mittels der Option "-newer File" kannst du eine Referenzdatei angeben.
Alle Dateien, deren Änderungsdatum neuer ist als das der Referenzdatei werden ermittelt.

Wenn der Server aber auch per /QNTC erreichbar wäre könntest du dann direkt den "cp"-befehl ausführen.