Dem Phänomen begegnet man auch leider im Internet.
Da gibt es jetzt aktuell Java 1.7, bei bestimmten Internetseiten wird aber die Javaversion wohl abgeprüft und noch 1.6 verlangt. Soviel zur Kompatibilität.
Was die Signaturen angeht, so ist man ähnlich wie eben bei Java oder .NET eigentlich gezwungen, auch den Programmen, wenn sich die Signatur ändert, dann auch neue Namen zu vergeben.
Dann gibts die Verdrückung eben nicht.
Anpassen des BNDDIR auf die neuen Programme und Signaturen, dann nimmt der Binder beim nächsten verlinken eben die neue Version.
.NET macht das eigentlich noch intensiver. Hier wird man gewungen eine version zu hinterlegen und beim Importieren gezielt diese Version zu benennen.
Bei Java importiert man eine Lib. Hat die neue version dann leider den selben Namen wie die alte, gibts halt das Problem.
Dies wird dann sauber mittels Interfaces an Stelle von Direktaufrufen geregelt.
Dies könnte man ebenso in RPGLE realisieren, in dem man grundsätzlich Wrapperfunktionen zur Verfügung stellt (eben Interfaces), die dann für den Aufruf der jeweils aktuellen Originalversion zuständig sind. Diese könnten sich auch per Procedurepointer (Benders Toolbox) dynamisch die Adressen besorgen.

Möglichkeiten gibt es viele, man muss sie nur nutzen.