Ganz einfach - im Parameter für XML-SAX gibst Du dem Parser an, in welcher CCSID er *DIR* die Daten liefern soll - nicht, in welcher sie gespeichert sind! Darum wird Dir XML-Sax abgestürzt sein, völlig egal, was Du da angegeben hast.
Für das Ausgangsformat gibt es ja das Attribut CCSID der IFS-Datei.
Das hat aber nur eine echte IFS-Datei auf der 400er, nicht die Simulation eines Dateisystems auf einem PC.