Mal abgesehen, dass eh alles kake ist und wie man es auch machen würde der falsche Weg wäre ...
verwenden wir eben derzeit:
- Mercurial (Versionsverwaltung)
- JIRA (Change Management / Ticket System)
- RDi für AS/400 spezifische entwicklungen
- Kepler Eclipse für die Java Welt.

Das JIRA ist zwar kostenpflichtig und ich war anfangs nicht ganz begeistert, da es mir etwas zu "Bunt" war, für die Zukunft war es aber eine gute entscheidung.
Wir haben z.B. angefangen mit SCRUM zu entwickeln.
Im JIRA gibt es ein PlugIn/Update, welches diese Technik auch im Change Management unterstützt.
Es enthält auch eine Vielzahl an Features auf die man erst im laufe der Zeit dahinter kommt und die einem sehr helfen können.

Alternativ gibt es auch kostenfreie Systeme wie Redmine & Co.

Für die Versionsverwaltung und fürs Ticket System ist es egal ob es Java, RPG oder Beides ist.