Ich weiß zwar nicht, was du als AS400-Notepad bezeichnest, aber das ist schon ein wenig "blöd".
Mach mal eine Makroaufzeichnung, die den Bereich markiert und kopiert.
Dies ist schon mal die Zwischenablage (Clipboard).
Dann konvertiere das Makro (falls es nicht schon ist) in ein VB-Schript.
Die CA-5250 unterstützt das schon.
Hier kannst du dann per Automatisierung (VB-Objekte) auf das Clipboard zugreifen, die Daten auslesen und in eine Textdatei schreiben.

Ob die ganze Aktion sinnvoll ist kann ich nicht beurteilen.

Mehr Sinn macht für mich, ggf. mit der IT-Abteilung, ein Excel-Import per externer Abfrage oder eine 5250-Datenübertragung zu definieren.