Da dein Rasperry ja mit Linux läuft, kannst du dort eine Java-Version des CA (o.ä.) laufen lassen um eine 5250-Anwendung zu schreiben, im Zweifel wohl nur ein Eingabefeld.
Den Scanner schließt du ja am Rasperry wohl über USB an.
Der Scanner sendet dann Tastatureingaben an die aktive Anwendung.

Du musst halt nur die Sitzung starten, ggf. "Anmeldung umgehen" und per Usrprf direkt das Programm für den Scanner starten.
Durch geschickte Konfiguration und Wiederanlauf-Scripte meldet sich dein Rasperry immer wieder an der AS/400 an.

Gut geeignet ist da wirklich die Java-Version von CA (knapp 60MB) die auch auf Linux laufen und von der Größe auf SD passt.
Ob Java allerdings auf deinem Rasperry läuft musst du probieren.

Ich denke aber, du sparst hier am falschen Ende, da der Rasperry ja eigentlich ein Bastel-Rechner ist.