Der Inhalt der Dateien muss vorher geklärt sein um sie korrekt verarbeiten zu können.
Wenn ich immer wieder raten muss, ist da ein Problem.

Wie du schon beschreibst, der CHGATR ändert nur das Attribut aber nicht die Daten.
Das Attribut ist entsprechend den Daten zu setzten!
D.h., UTF-8 in 1208, ANSI in 1252!
Automatisch passiert da nichts.

Ggf. kannst du da eine Analyse der Inhalte (nach dem CPY) machen ob z.B. UTF-8-Zeichen im Text vorkommen. Dies geht z.B. mit QSH "fgrep ...". Anhand des Ergebnisses machst du dann einen passenden CHGATR.

Da QNTC ein Fremdserver ist wird hier keine CCSID unterstützt. Beim Kopieren muss der Binärmodus gewählt werden.

Das Problem hierbei ist der MOV, da dieser bei verschiedenen IFS'n erst einen CPY und anschließend einen DEL aufruft.
Der CPY versucht auch das Attribut CCSID mitzunehmen, was hier leider nicht geht.
Das Kopieren ins QNTC geht auf 2 Wegen:
a) per QSH mit dem "cp fromfile tofile", hier geht ja auch "cp * /qntc/verz"
b) per CPYTOSTMF ... CVTDATA(*NONE), nur jede Datei einzeln