Da das IP-Protokoll generell zustandslos ist (es gibt keine Verbindungsüberwachung) kann es schon mal zu seltsamen verhalten kommen was einen Restart des einen oder anderen Dienstes erfordert.
Ich habe aktuell mit ODBC-Zugriffe zu kämpfen. 98% funktionieren, aber manchmal stehen der Client als auch der AS/400-Job (QZDASOINIT) beide auf Empfang!
Da es bei Resultsets im MoveNext keinen Timeout gibt (den gibt's nur beim Connect und Execute) hängt der Client fest.
Es hilft tatsächlich nur ein Restart und ein Kill (ENDJOB) des QZDASOINIT's.
Erstmalig tritt dieses Problem seit V7R1 auf.

Ich denke ähnliches wird es auch beim FTP geben. Erst wenn der Service neu gestartet wird, wird alles in Grundstellung gebracht.
Immerhin ist dies auf der AS/400 noch einfach durchzuführen, bei Windows heißt das ja meistens Neustart des Systems (Boot), dann funktioniert es wieder (das Problem habe ich derzeit mit einem Windows Server 2012, nach dem Boot geht wieder alles).

Mach doch einfach einen SCDE, der den FTP-Service nachts neu startet.