Viele Softwarehäuser haben sich für den internen Gebrauch eine Überwachung gebastelt, die, wenn ein Job zu sehr die anderen Leute behindert, die Priorität dieses Jobs heruntersetzt.
Wenn 1. an den SQL-Statements wirklich nichts mehr zu optimieren ist, und 2. Indizes wirklich nichts mehr helfen, würde ich 3. daran denken, so was auch auf einem Produktivsystem einzusetzen, um nicht immer manuell eingreifen zu müssen.