Dann kann dir dieses Produkt ggf. helfen:
http://www.talend.com/products/talend-open-studio

Einer meiner Kunden transferiert mittels dieses Produktes automatisiert Daten von und zu AS/400, incl. Tabellenerstellung.
Also sollte das doch auch bei dir gehen.
Ich habe mich damit noch nicht beschäftigt, aber er findet es toll und kostenlos da OpenSource soll es ja auch noch sein.