FTP kümmert sich nicht um Feldstrukturen.
Ein direktes Kopieren ist nur möglich, wenn die Zieldatei mit identischer Struktur vorhanden ist.

Alternativ kann man es mit SQL machen, das ist aber nicht Standard.
Mit meinem SQLCPY z.B. kann man direkt zwischen 2 AS/400-System Daten kopieren und sich bei Bedarf die Tabelle auf dem Zielsystem erstellen lassen.
Zu bedenken ist lediglich, dass die Datei als SQL-Tabelle und nicht als DDS-PF erstellt wird.