Hatten ähnliches Problem: einzelne User haben Dateien auf Netzwerk-Shares nicht gesehen, die aber definitiv da waren (und auch kein Berechtigungsproblem hatten). Sichtbarkeit änderte sich nach Minuten oder Stunden.

Geholfen hat Microsofts kb2769790: https://support.microsoft.com/en-us/kb/2769790
"File that a user adds to a remote folder is not displayed in Windows Explorer on a computer that is running Windows 7 or Windows Server 2008 R2"

Viele Grüße,
Stefan