Der Unterschied iist, dass man per FTP nicht auf den Freigabenamen sondern auf den originären Pfad verbinden muss.
So wie du bei FTP an die AS/400 einen "cd /home/Pfad" ausführst.
Da Windows aber das NAMEFMT 1 verwendet und ein Skript nicht ausführbar ist, musst du das NAMING bereits in den FTP-Attributen auf Pfad umstellen (CHGFTPA).
Dann könnte es ggf. funktionieren.