Das ist wie immer schwierig zu analysieren.
Neben den Daten werden ja auch die Schlüssel (LF's) benötigt.
Häufig ist es also so, dass von den Daten eher nur ein Teil benötigt wird, von den Schlüsseln wiederum mehr.
Wenn du mit dieser Methode nur 20 Sekunden für 30 Minuten rausholst liegt die Ursache eher weniger in diesen Dateien.
Dein Programm muss also noch mehr machen als nur Daten lesen und ggf. auch noch andere Dateien lesen.
Ein Problem ist häufiger auch das Schreiben wenn die Zieldatei einen spezielen FRCRATIO enthält. Hier habe ich schon bei einem CPYF Laufzeitverbesserungen von Faktor 1000 erzielt.
Das nächste Problem sind ggf. Wartezeiten auf Satzsperren. Auch wenn diese ggf. nur sehr kurz sind, so summieren sich diese.

Wenn du Performance herausholen musst muss ein sinnvolles Profiling des Programmes gemacht werden.