Ganz einfach:
Nur die Verzeichnisse sichern, in denen du auch eigene Dateien untergebracht hast.
Meistens ist das "/Home/*". Alles was mit "Q" anfängt gehört dem System.
Für bestimmte Dienste sind ggf. Konfigurationen irgendwo in einem Q-Verzeichnis stehen, aber das sollte ja dokumentiert sein.